Rūgštys, bazės, druskos. pH rodiklis

http://www.seasaltsuperstore.com/

Pažintį su molekulėmis tęsiame kitomis neorganinėmis molekulėmis. 

Rūgštys vandenyje disocijuoja (suskyla) į bent vieną vandenilio joną (H⁺) ir vieną (ar daugiau) neigiamą joną. Rūgštys gali būti apibūdinamos kaip protono (teigiamos atomo dalelės) (H⁺) donoras.

HCl_(H2O) → H⁺ + Cl^-

Bazė vandenyje disocijuoja į bent vieną hidroksido (OH^-) joną ir vieną (ar daugiau) teigiamą joną. Hidroksido jonai gali priimti (susijungti) protoną, taip sudarydami vandens molekulę.

NaOH_(H2O) → Na⁺ + OH^-

Druska yra medžiaga, kuri vandenyje disocijuoja į katijonus (teigiami jonai) ir anijonus (neigiami jonai), o ne į H⁺ ar OH^-.

NaCl_(H2O) → Na⁺ + Cl^-

^{http://www.toolboxpro.org/classrooms/template.cfm?ID=1730&P=113502}

Read More

Įdomioji biologija. PGR

http://www.chemagen.com/pcr-products.html

„Įdomioji biologija“ vėl keliasi į mano laboratoriją ir šį kartą papasakosiu apie PGR. Šios reakcijos modifikacijų yra daug, priklausomai nuo to, ką norima dauginti ir ką norima daryti su produktu toliau, tad čia bus aprašyti tik tie principai, kurie galiojai didžiajai daliai atliekamų PGR. Įspėju iš anksto, tekstas laukia ilgokas :D

Norint nustatyti genų sekas, klonuoti žinomus genus, įvertinti genų raišką, reikia padauginti (amplifikuoti) nukleorūgštis (DNR ir RNR). Dažniau atliekama DNR amplifikacija, nes jos dauginimo metodai yra geriau išvystyti ir pati DNR yra chemiškai stabilesnė, nei RNR. Jei reikia atlikti RNR amplifikaciją, pirma padaroma DNR kopija ir tada ji yra amplifikuojama.

https://www.youtube.com/watch?v=uXdzuz5Q-hs

Amplifikacija gali būti atliekama:

• in situ - nukleorūgštys yra pagausinamos negyvose atitinkamai paruoštose ląstelėse arba audiniuose, tam tikroje ląstelės ar chromosomos vietoje.
• in vivo - DNR fragmentas perkeliamas į ląstelę. Kai ląstelės dauginasi, vykstant replikacijai, padauginama ir DNR.
• in vitro naudojami replikacijoje dalyvaujantys fermentai – DNR polimerazės, kurios sintetina DNR kopijas.

Amplifikacija in vitro yra patogiausia ir greičiausia. Yra sukurta daug skirtingų amplifikacijos in vitro metodų. Vieniems metodams reikalingas ciklinis temperatūros kaitaliojimas, kiti atliekami esant pastoviai temperatūrai. Pats efektyviausias ir dažniausiai naudojamas yra polimerazės grandininė reakcija (PGR). Šio metodo pagalba iš 1 DNR kopijos galima gauti iki 10¹² DNR kopijų. Už PGR išradimą, 1993 metais Kary B. Mullis buvo apdovanotas Nobelio premija.

Read More

Molekulės. Vanduo

https://pixabay.com/en/photos/water/

Biologai ir chemikai visus junginius yra suskirstę į dvi dideles grupes:

• Neorganiniai junginiai yra dažniausiai nedidelės ir struktūriškai paprastos molekulės. Neorganiniams junginiams priskiriami vanduo, molekulinis deguonis (O₂), anglies dioksidas, dauguma druskų, rūgščių ir šarmų.
• Organiniai junginiai savo sudėtyje visada turi anglies ir vandenilio atomų. Dažniausiai šie junginiai yra sudėtingos struktūros. Organiniams junginiams priskiriami angliavandeniai, baltymai, nukleorūgštys, riebalai ir kitos molekulės.

Pažintį su ląstelėms svarbiomis molekulėmis pradėsime nuo neorganinių junginių. Visų gyvų organizmų augimui, dauginimuisi, atsigavimui ir kitiems procesams reikia daug ir įvairių neorganinių junginių.

http://borgenproject.org/water-the-elixir-of-life/

Read More

Mokslo naujienos: molekulė, siejanti bakterijas ir smegenis

https://www.newscientist.com/article/2095769-gut-bacteria-spotted-eating-brain-chemicals-for-the-first-time/

Žmogaus žarnyne buvo atrastos bakterijos, kurios yra priklausomos nuo vienos, žmogaus smegenims svarbios, molekulės. Šios bakterijos vartoja GABA (gama-aminobutirinė rūgštis, modifikuota aminorūgštis). Ši molekulė turi teigiamą poveikį žmogaus nervinei sistemai: padeda nerviniams impulsams pereiti ir susisiekti per neuronų sandaras (sinapses), „ramindama“ smegenų aktyvumą. Šis atradimas galėtų paaiškinti, kodėl žmogaus žarnyno mikrobioma (mikroorganizmų visuma) veikia žmogaus nuotaiką. (Turbūt pastebėjote, kad skaniai pavalgius nuotaika tik gerėja :D )

http://www.wormbook.org/chapters/www_gaba/gaba.html

Šiaurės Rytų universiteto Bostone mokslininkas Philip Strandwitz kartu su kolegomis atrado, kad šios atrastos bakterijos, pavadintos KLE1738, gali augti tik tada, kai jos aprūpinamos GABA. „Niekas neprivertė jų augti, tik GABA“, - teigia mokslininkas.

Read More

Centrosoma

http://www.biology-pages.info/C/Centrioles.html

Šiandien paskutinysis ląstelės dalis pristatantis įrašas. Toliau bus ciklas apie ląstelei svarbiausias molekules.

Centrosoma yra netoli ląstelės branduolio. Ji susideda iš 2 dalių – pericentriolinės srities ir centriolių.

http://study.com/academy/lesson/centriole-definition-structure-function.html

Pericentriolinė sritis yra citozolio (ląstelę užpildantis skystis) dalis, sudaryta iš tankaus nedidelių baltyminių siūlų tinklo. Ši sritis yra mitotinės ašies centras, kuri vaidina itin svarbų vaidmenį ląstelės dalijimesi (mitozėje). Ji atsakinga, kad ląstelei dalinantis, genetinė medžiaga (chromosomos) būtų vienodai paskirstoma dukterinėms ląstelėms. Taip pat ši sritis formuoja baltyminius mikrovamzdelius tose ląstelėse, kurios nesidalija.

Read More

Peroksisoma

https://www.uni-mainz.de/FB/Medizin/Anatomie/workshop/EM/EMPeroxisomE.html

Peroksisomos yra į lizosomas panašios, tačiau mažesnės organelės. Anksčiau buvo manoma, kad jos susiformuoja endoplazminiame tinkle, tačiau dabar žinoma, kad su ET jos nėra susijusios ir susiformuoja kaip individualios organelės.

https://middletownhighschool.wikispaces.com/Lysosomes+and+Peroxisomes

Peroksisomose yra vienas arba keletas fermentų, kurie gali oksiduoti įvairias organines molekules. Pavyzdžiui, aminorūgštys ar sočiosios rūgštys yra oksiduojamos peroksisomose normalaus metabolizmo metu. Peroksisomų fermentai oksiduoja ir toksines medžiagas, tokias kaip alkoholį.

Read More

Atopinis dermatitas

http://www.mazonskincare.com/common-types-of-eczema/

Kai buvau visai visai mažytė, man buvo diagnozuotas atopinis dermatitas. Tai nėra gyvybei ar sveikatai pavojinga liga (todėl apskritai vengiu termino „liga“, nes ligone nesijaučiu), bet kai su ja tenka gyventi visą gyvenimą, nori ar nenori, ji tave paveikia kaip žmogų. Taigi šį kartą – ką reiškia turėti atopinį dermatitą.

Pradžioje šiek tiek apie pačią „ligą“. Atopinis dermatitas (AD) – tai lėtinis, pasikartojantis odos uždegimas, kuriam būdingas labai niežtintis bėrimas. Ši liga yra nepiktybinė ir visiškai neužkrečiama. AD būdingas intensyvus odos sausumas, niežėjimas ir uždegimo sukelti odos pažeidimas – paraudimas, sudirgimas. Liga pasireiškia egzemos paūmėjimais, kuriuos lydi intensyvus niežėjimas ir miego sutrikimai.

https://www.nationaljewish.org/conditions/eczema-atopic-dermatitis/what-causes-eczema  

Bėrimo lokalizacija priklauso nuo paciento amžiaus – vaikams iki 3 metų labiausiai pažeidžiamas veidas (kakta, skruostai, ausys), liemuo, rankų ir kojų tiesiamieji paviršiai (alkūnės ir keliai), plaukuotoji galvos dalis. Virš 3 metų – veidas (kakta, akių vokai, lūpos), kaklo šonai, sprandas, lenkiamieji kojų ir rankų paviršiai, delnai.

Atopiniu dermatitu dažniausiai suserga vaikai iki vienerių metų. Dauguma pacientų iš jos „išauga“, todėl dažnai laikoma kaip vaikiška liga.

Read More

Chloroplastas

https://en.wikipedia.org/wiki/Chloroplast

Chloroplastai yra dumbliuose ir augaluose randamos organelės. Tai dviguba membrana apgaubta lęšio formos struktūra, turinti žaliąjį pigmentą chlorofilą ir fermentus, reikalingus fotosintezės šviesos fazei. Chlorofilas saugomas monetos formos membraniniuose maišeliuose - tilakoiduose, o tilakoidų krūvelė vadinama grana. Chloroplasto užpildas – stroma. Pagrindinė chloroplasto funkcija yra fotosintezė – įvairių organinių medžiagų sintezė panaudojant saulės šviesos energiją.

http://www.nature.com/scitable/topicpage/plant-cells-chloroplasts-and-cell-walls-14053956

Read More