Mano studijos. Bakalauras

Šį kartą mano asmeniniame skyrelyje kai kurių itin lauktas įrašas apie mano studijas.

Nėra jokios paslapties, studijuoju mikrobiologiją ir biotechnologiją Vilniaus universitete. Šiuo metu baiginėju trečią kursą. Tai ką aprašysiu, iš dalies tinka ir kitoms VU GMF biosrities specialybėms.

Pradėsiu nuo dažniausiai užduodamų klausimų – ar įdomu? ar sunku?

Nemeluosiu, pirmas semestras man buvo toks neįdomus ir sunkus, kad rimtai galvojau apie studijų metimą, o pasižiūrėjus į pirmo semestro rezultatus gėda iki šiol... Bet nereikia stebėtis. Mokytis pradėjome nuo tokių dalykų, kaip organinė, neorganinė ir fizikinė chemija, matricų ir vektorių skaičiavimas, bereikalingas studijų įvado dalykas ir botanika (daugumai biologų, išskyrus patiems botanikams, augalų dalis yra pati neįdomiausia). Nebuvo iš esmės nei vieno dalyko, kuris mane asmeniškai trauktų (gelbėjo tik nerealiai faini organinės ir neorganinės chemijų dėstytojai :D). Prasidėjus kitiems semestrams, nebeteko gailėtis dėl studijų pasirinkimo: prasidėjo specialybiniai (ar bent artimiau su specialybe susiję) dalykai. Iškart ir pažymiai pradėjo gerėti, o studijos darėsi tik įdomesnės.

Mokytis tikrai nėra lengva ir ši specialybė tikrai nėra skirta tiems, kurie mėgsta ilsėtis, o laisvu laiku dar ir padirbėti. Tam laiko dažniausiai net nebūna :D Esame spaudžiami kaip įmanoma anksčiau pradėti eiti į laboratorijas. Tad dienos metu sėdi paskaitose, o po jų ir laisvomis dienomis (kai kuriems net ir savaitgaliais reikia) trauki į savo laboratoriją. Medžiagos kiekiai gal ir nusileidžia medicinos studentų kiekiams, bet semestro viduryje ir sesijų metu turime mokytis ne ką mažiau. Kitais žodžiais tariant, studijuojant čia, irgi turi turėti šiokį tokį pašaukimą, nes kitu atveju, tik išsikasi pats sau duobę :D

Read More

Ląstelės intarpai

http://www.doctorc.net/Labs/Lab3/lab3.htm

Prokariotinės ląstelės citoplazmoje yra randama keletas rūšių rezervavimo dalelių, vadinamų ląstelės intarpais. Ląstelės kaupia tam tikras medžiagas, kai jų aplinkoje yra gausu, o šias sukauptas medžiagas suvartoja, kai aplinka pasikeičia į ląstelėms nepalankią.

Į intarpus makromolekulės sukoncentruojamos tam, kad būtų išvengta padidėjusio osmosinio slėgio. Jam atsiradus, makromolekulės būtų tiesiog paskleistos po citoplazmą. Kai kurie intarpai plačiai paplitę tarp bakterijų, kai kuriuos turi tik konkrečios bakterijų rūšys. Ląstelių intarpai gali tapti viena iš priemonių rūšims identifikuoti.

Metachromatinės granulės yra dideli intarpai. Jų pavadinimas kilo nuo to, nes dažant tam tikrais mėlynais dažais (pvz., metileno mėlynu), kartais jos nusidažo raudona spalva (paradoksas). Kitaip šios granulės dar vadinamos volutino granulėmis. Volutinas kaupia neorganinį fosfatą (polifosfatą), kuris gali būti panaudotas ATP sintezėje. Šias granules formuoja tos rūšys, kurios gyvena fosfatu turtingoje aplinkoje. Metachromatines granules turi dumbliai, grybai, pirmuonys ir bakterijos. Volutino granulės yra viena iš Corynebacterium diphtheriae atpažinimo charakteristikų. Dažant šias bakterijas su metileno mėlynuoju, matomos mėlynos bakterijos su raudonomis granulėmis.

Read More

Kodėl bakterijos yra tokio dydžio, kokio yra?

http://www.sciencemag.org/news/2016/04/why-bacteria-can-t-get-any-bigger-or-smaller

Šį kartą „Mokslo naujienos“ nėra visai mokslo naujienos :D Trumpai parašyta, kodėl bakterijos yra tokių dydžių, kokios yra – nei didesnės, nei mažesnės.

Kad būtų lengviau suprasti, kokio įvairaus dydžio gali būti bakterijos, tai mažiausias galima įsivaizduoti kaip delną, o didžiausios galėtų talpinti 4000 traktorių su priekabomis. Įspūdinga, tiesa?

(Atkreipkite dydį į skales - pirmuoju atveju nm, antruoju mm)

 

http://www.medgadget.com/2006/12/insanely_small.html

Vienos mažiausių bakterijų

 

http://schaechter.asmblog.org/schaechter/2012/02/the-three-faces-of-thiomargarita.html

Kol kas žinoma didžiausia bakterija - Thiomargarita namibiensis

Read More

Ribosoma

http://www.illumina.com/techniques/sequencing/rna-sequencing/ribosome-profiling.html

Tiek prokariotinės, tiek eukariotinės ląstelės turi ribosomas, kurių funkcija yra baltymų sintezė ląstelėje. Tos ląstelės, kurios sintetina daug baltymų, pavyzdžiui aktyvaus augimo metu, turi ir didesnius ribosomų kiekius. Prokariotinės ląstelės turi dešimtis tūkstančių šių nedidelių struktūrų, kas suteikia citoplazmai granuliuotą išvaizdą.

http://mol-biol4masters.masters.grkraj.org/html/Protein_Synthesis5-Ribosome_as_Translation_Machine.htm

Ribosomos sudarytos iš 2 subvienetų. Kiekvienas jų sudarytas iš baltymo ir specifinės RNR molekulės, vadinamos ribosomine RNR (rRNR). Prokariotų ribosomos skiriasi nuo eukariotų baltymų kiekiu ir rRNR molekule. Jos taip pat yra mažesnės ir ne tokios sudėtingos, kaip eukariotų. Prokariotinės ribosomos dar vadinamos 70S ribosomomis, o eukariotinės – 80S ribosomomis. Raidė S žymi Svedbergo vienetą, kuris nurodo santykinį nusėdimo greitį centrifuguojant itin dideliu greičiu. Nusėdimo greitis priklauso nuo dalelės dydžio, svorio ir formos. 70S ribosomą sudaro nedidelis 30S subvienetas, turintis 1 rRNR molekulę ir didesnį 50S subvienetą, turintį 2 rRNR molekules.

Read More

Nukleoidas

http://www.textbookofbacteriology.net/structure_9.html

Šį kartą apie bakterijos genetinę medžiagą.

Bakterinės ląstelės nukleoide dažniausiai yra 1 ilga, nepertraukiama, žiedinė, dvigrandė DNR molekulė, dar vadinama bakterijos chromosoma. Joje yra užkoduota ląstelės genetinė informacija apie ląstelės struktūras ir funkcijas. Skirtingai nei eukariotų chromosomos, bakterijų chromosomų nedengia branduolio apvalkalas (membrana) ir jos neturi histonų. 

http://www.wikilectures.eu/index.php/Prokaryotic_Chromosomes

Read More

Įdomioji biologija. Elektroforezė

Praeitą kartą, pasakodama apie tai, ką darau laboratorijoje, baigiau išskirtos DNR saugojimu. Norint ją naudoti tolimesniems tyrimams, išėmus iš šaldytuvo ji cenrifuguojama, kad vėl nusėstų ant mėgintuvėlio dugno. Etanolis išpilamas ir mėgintuvėliai paliekami išdžiūti. Svarbu per daug neišdžiovinti. Mėgintuvėlius reikia saugoti kaip įmanoma labiau nuo galimų mėginio užkrato šaltinių, pvz., žmogaus. DNR ištirpiname druskos rūgštyje. Ją jau galime naudoti tolimesniems tyrimams.

 

Šiek tiek patobulinom purtyklę :D

Reikia pasitikrinti, ar DNR tikrai išsiskyrė ir ar išskirta DNR yra reikiamo dydžio. Tam yra taikomas metodas, vadinamas nukleorūgščių elektroforezė.

Read More

Citoplazma

http://bscb.org/learning-resources/softcell-e-learning/cytoskeleton-the-movers-and-shapers-in-the-cell/
 

Kadangi nėra daug ką parašyti, tai šį kartą iškart tiek apie prokariotų, tiek apie eukariotų citoplazmą.

Kai kalba eina apie prokariotus, citoplazma apibūdina ląstelės turinį, apgaubtą plazmine membrana.

Citoplazma yra stora, elastinga, pusiau permatoma ir vandeninga struktūra. 80% citoplazmos sudėties yra vanduo. Be jo yra fermentų, angliavandenių, lipidų, neorganinių jonų (pvz. įvairių metalų jonai) ir daugybė nedidelės molekulinės masės medžiagų. Neorganinių jonų koncentracija citoplazmoje yra žymiai aukštesnė, nei kitose ląstelės vietose.

Didžiausia struktūra, esanti prokariotinės ląstelės citoplazmoje, yra nukleoidas - sritis, kurioje sutelkta prokarioto DNR. Prokariotų citoplazmoje taip pat gausu ribosomų ir įvairių intarpų su rezervinėmis medžiagomis. Baltyminiai siūlai, esantys citoplazmos sudėtyje, suteikia ir palaiko bakterijų lazdelės ir spiralės formas. 

Read More

Mokslo naujienos: Sintetinis mikrobas

http://www.sciencemag.org/sites/default/files/styles/article_main_medium/public/images/sn-genome_0.jpg?itok=R7mZ1qa8&timestamp=1458829399

Šiuo straipsniu jau buvau pasidalinus Google+, bet kadangi šis atradimas man pasirodė tikrai įdomus, nusprendžiau juo pasidalinti ir su tais, kurie manęs neseka Google+.

Reta Japonijoje auganti gėlė Paris japonica yra žinoma dėl to, kad ji turi didžiausią, 50 kartų didesnį už žmogaus, genomą. Visai neseniai atsirado rekordininkas ir kitoje skalės pusėje - Craig Venter dirbtinai sukomponuota ir vos 473 genus turinti bakterija, žinoma kaip Syn 3.0. Ji turi tik tuos genus, kurie būtini išgyvenimui ir pasidauginimui. 

http://pacificbulbsociety.org/pbswiki/index.php/Paris

Paris japonica

Supaprastinta mikrobo genetinė struktūra džiugina evoliucijos biologus ir biotechnologus, kurie dabar galės pridėti genus vieną po kito, tirdami jų funkcijas ląstelėje. Sintetinės biologijos mokslininkas Chris Voigt teigia: “Sukurti gyvą ląstelę, kurios visas genomas yra aprašytas yra itin svarbus žingsnis”. Tačiau Voigt su kolegomis pažymi, jog šis aprašymas nėra iki galo išbaigtas - 149 Syn 3.0 genų (maždaug trečdalio) funkcijos nėra žinomos. Tyrėjų užduotis yra išsiaiškinti šių genų funkcijas, kurios turėti suteikti naujų įžvalgų apie gyvybės biologiją.

Read More