Nuo šio įrašo,
kas dešimtasis įrašas bus skyrelis „Įdomioji biologija“. Šiame skyrelyje rašysiu
apie tai, ką darau pati, įvairius mikroorganizmų panaudojimus, ligas ir t.t.
Taip pat galite siūlyti ir savas temas komentaruose apačioje.
Taigi šį kartą ir
bus mano pirmasis (ir tikrai ne vienintelis) įrašas apie tai, ką darau
laboratorijoje. Nuotraukos yra darytos mano pačios, todėl prie kokybės
nesikabinėkit :D
Kodėl pradedu
būtent nuo to? Nes tai yra pradinis tyrimų, kuriuos atlieku, etapas. Bakterijos,
su kuriomis dirbu, yra nekultivuojamos,
t.y., neatrastos tokios sąlygos, kuriomis galima jas užsiauginti
laboratorijoje. Todėl reikia išsiskirti DNR, kad galėtume identifikuoti jas ir
daryti tolimesnius tyrimus. Kadangi kol kas neįmanoma užsiauginti grynos kultūros, šių bakterijų DNR
išskirinėjama kartu su organizmų, kuriuose jos veisiasi,
DNR. Aš pati dirbu su bakterijomis, besiveisiančiomis vabzdžiuose.
Pradžioje
pasiruošiame lizės ir precipitacijos tirpalus. Vabzdžiai yra
saugomi spirite, todėl prieš metant juos į lizės tirpalą, reikia šiek tiek
padžiovinti, kad išgaruotų etanolis.
Vabzdžiai
sumetami į lizės tirpalą ir gerai
sutrinami. Lizės tirpale yra fermentų
ir medžiagų, kurie skaido ląstelių sieneles ir membranas. Tokiu būdu, ląstelių
turinys išbėga į tirpalą.
Po to, kai
mėginys gerai sutrinamas, mėgintuvėliai laikomi 65°C temperatūroje, kadangi tai
yra optimali naudojamų fermentų veikimo temperatūra. Palaikius keliolika
minučių į mėginius įpilama chloroformo.
Ši medžiaga padės atskirti DNR nuo kitų ląstelės komponentų. Įpylus chloroformo, mėgintuvėlius būtina pavartyti 3-5 kartus, kad būtų gautas homogeniškas (vientisas) mėginys. Po vieno karto, kai to
nepadariau, įsitikinau, kodėl tai yra labai svarbu :D Mėgintuvėliai sudedami į
centrifugą.
Po centrifugavimo
išimti mėginiai atrodo maždaug taip (jeigu nepavartai mėgintuvėlių, išsiskiria dar keli papildomi sluoksniai, ko neturėtų būti).
Apatiniame
sluoksnyje yra įvairūs ląstelių komponentai. Tarp viršutinio ir apatinio
sluoksnių yra matomos šiukšlės – vabzdžių atveju tai pagrinde yra chitininė
vabzdžio danga. Mus labiausiai domina viršutinis, vandeninis sluoksnis, kadangi
jame bus ištirpusi DNR. Automatinės pipetės pagalba vandeninis sluoksnis yra
nusiurbiamas ir perkeliamas į precipitacijos
tirpalą.
Precipitacijos tirpale yra medžiagų (daugiausiai įvairių
teigiamų metalų jonų), kurios neutralizuoja neigiamą DNR krūvį, šitaip leisdamos jai iškristi į nuosėdas ir nusėsti ant mėgintuvėlio dugno. Mėgintuvėliai
švelniai supurtomi purtyklėje ir vėl centrifuguojami.
Dabar jau
ištraukus mėginius iš centrifugos ant dugno yra matomos nedidelės DNR nuosėdos
(deja, bet jų nufotografuoti taip, kad matytųsi praktiškai neįmanoma. Jos
kiekis yra maždaug toks, koks yra taškas sakinio gale).
Iš mėgintuvėlių
išsiurbiamas visas skystis, paliekama tik pati DNR. Kad būtų galima ją
išsaugoti ilgesniam laikui ir eksperimentus tęsti vėliau, ji ištirpinama
druskos tirpale ir užpilama šaltu spiritu. Ją galima saugiai laikyti šaldiklyje
apie kelias savaites ir DNR savo kokybės nepraras.
Kol kas tiek.
Vėliau būtinai pratęsiu istoriją, kas yra daroma su ja toliau.
Iki kito susitikimo :)
chekas
Informacijos šaltiniai:
- "Fermentas" ruošto modulio Nr. 3 "Nukleorūgščių grynimas" p. 5-9
P.S. All foreign readers are now able to translate a blog with a button on the right side of the blog :)
Komentarų nėra:
Rašyti komentarą