Darbinės atostogos

Mielieji mano blog'o skaitytojai,

teks Jūsų visų atsiprašyti, tačiau ateinančias 2 savaites įrašų nebus. Išvykstu į iGEM konkurso Giant Jamboree konferenciją, vykstančią Bostone, USA.
Iki išvykimo turiu nušlifuoti kalbą, kuria pristatysiu komandos darbą, o pačios kelionės metu kažin ar kada beturėsiu laiko prisėsti parašyti įrašo...

Wish us luck, ir be abejo grįžus parašysiu apie šią kelionę :)

O kas apie mus dar negirdėjot, siūlau pažiūrėti šį trumpą filmuką https://www.youtube.com/watch?v=BXqrlQ6JB4M 

Iki kito susitikimo :)

chekas

Read More

Kaip veikia fermentas?

https://www.ethz.ch/en/news-and-events/eth-news/news/2013/10/kuenstliches-enzym-schafft-700-reaktionen-pro-sekunde.html

Fermentai sumažina cheminių reakcijų aktyvacijos energiją. Principinė schema, kaip fermentas tai daro:

1. Substrato paviršius kontaktuoja su specifine fermento sritimi – aktyviuoju centru;
2. Susiformuoja laikinas tarpinis junginys, vadinamas fermento-substrato kompleksas;
3. Substrato molekulė pakeičiama pertvarkant atomus tiek ją suskaidant, tiek ją sujungiant su kita substrato molekule;
4. Pakeistos substrato molekules – reakcijos produktai – atpalaiduojami, nes jos nebeatitinka fermento aktyviojo centro;
5. Nepakitusi fermento molekulė vėl yra pasiruošusi reaguoti su kita substrato molekule.

Šių veiksmų rezultatas – fermentas pagreitina chemines reakcijas.

https://en.wikibooks.org/wiki/Biochemistry/Print_version

Read More

Mokslo naujienos: neįprastas ląstelių dalijimasis

https://www.sciencedaily.com/releases/2016/10/161011135917.htm

Dauguma bakterijų dalinasi dalinimosi vietoje prijungdamos FtsZ baltymą. Buvo manoma, kad FtsZ privalo organizuotis į žiedą, sutelkdamas daugybę kitų baltymų, ir kartu sudaryti vienalytę ir tuo pačiu metu veikiančią susitraukimo jėgą, spaudžiančią ląstelės šonus. Panašiai, kaip pirštais suspaustume pripūstą pailgą balioną. Nors iki šiol vis dar yra diskutuojama, kuris iš komplekso baltymų sukuria susitraukimo jėgą, niekas neabejoja, jog dalijimosi žiedą formuoja FtsZ baltymas. Žiedas sudarytas iš pasikartojančių FtsZ filamentų, jis yra elipsės arba toroido formos. Ilgai tikėta, jog žiedas yra sine qua non (nepakeičiamas) ląstelės dalijimosi procese.

http://www.riken.jp/en/research/rikenresearch/highlights/5722/

Įvairūs biologijos vadovėliai parašyti nagrinėjant mikroorganizmus, kurie auga laboratorinėmis sąlygomis. Tačiau, dauguma mikroorganizmų kol kas yra nekultivuojami ir gali būti stebimi tik jų natūralioje aplinkoje.

Read More

Fermentų komponentai

https://en.wikipedia.org/wiki/Ubiquitin-activating_enzyme

Tęsiame temą apie fermentus :)

Nors kai kurie fermentai sudaryti tik iš baltymų, daugumos sudėtyje yra baltyminė dalis, vadinama apofermentu, ir nebaltyminė dalis, vadinama kofaktoriumi. Kofaktorių pavyzdžiais gali būti geležies, cinko, magnio ar kalcio jonai. Jei kofaktorius yra organinė medžiaga, tai jis vadinamas kofermentu. 

Vieni apofermentai yra neaktyvūs, juos aktyvina kofaktoriai. Apofermento ir kofaktoriaus kompleksas vadinamas holofermentu - aktyvia fermento forma. Jei kofaforius pašalinamas, apofermentas tampa neaktyviu (negali dalyvauti reakcijose).

https://bestofbiochemistry.wordpress.com/2013/04/10/cofactors/

Kofermentai asistuoja fermentui priimdami iš substratų pašalintus atomus arba duodami atomus, reikalingus substratui. Kai kurie kofermentai yra elektronų pernešėjai, kurie pašalina elektronus nuo substratų ir perduoda juos kitoms molekulėms.

Read More

Fermentai

https://en.wikipedia.org/wiki/Ubiquitin-activating_enzyme

Dalelės, kurios gali pagreitinti chemines reakcijas, tačiau pačios reakcijos metu nesunaudojamos (jų pačių sudėtis po reakcijos nepakinta), vadinamos katalizatoriais. Gyvosiose ląstelėse jų vaidmenį atlieka biologiniai katalizatoriai – fermentai. Fermentai priklauso baltymų organinių molekulių grupei. Fermentas yra specifinis, sąveikaujantis su jam specifine dalele, fermento substratu (arba substratais, kai reakcijoje dalyvauja keli reaktantai), ir kiekvienas fermentas katalizuoja jam specifinę reakciją. Pavyzdžiui, sacharozė (cukrus, kuriuo saldiname kavą ar arbatą) yra fermento sacharazės substratas ir šis fermentas sacharozę hidrolizuoja (suskaido dalyvaujant vandeniui) į gliukozę ir fruktozę.

http://hetmaagdarmstelseldedarm.blogspot.lt/p/de-functies-van-de-darm.html

Kaip katalizatoriai, fermentai paspartina chemines reakcijas. 3D fermento molekulė turi aktyvųjį centrą, sritį, kuri sąveikauja su specifine chemine dalele.

Fermentas orientuoja substratą į tokią poziciją, kuri padidintų reakcijos tikimybę. Fermento-substrato komplekso susiformavimas, fermentui laikinai susijungus su reaktantais, padaro reakciją greitesnę ir sumažina jos aktyvacijos energiją.

Read More

Įdomioji biologija: 10 greičiausiai pražudančių ligų

http://www.buildhealthybody.com/top-10-most-dangerous-diseases-in-world/

„Įdomioji biologija“ grįžta su 10 greičiausiai pražudančių ligų. Neišsigąskite, įrašas ilgas. Įspėju jautrius žmones – ligų nuotraukų bus.

10. Chagas liga (amerikinė tripanosomozė).

Ši liga pavadinta Brazilijos mokslininko Carlos Chagas garbei, kuris 1909m. pirmas aprašė šią ligą. Chagas liga yra tropinė parazitinė kraujo pirmuonių Trypanosoma cruzi sukeliama liga, kelianti didelę grėsmę žmogaus gyvybei. Ši liga paplitusi Lotynų Amerikoje.

Kiekvienais metais užregistruojama 8-11 mln. Sergančių žmonių. Riziką užsikrėsti turi daugiau nei 25mln. Gyventojų. Kiekvienais metais Lotynų Amerikoje nuo šios ligos miršta 10 tūkstančių žmonių – daugiausiai tarp parazitinių susirgimų, net ir labiau žinomos maliarijos. Didėjant žmonių migracijai ši liga registruojama ir kitose pasaulio šalyse.

http://www.jyi.org/issue/the-fight-for-recognition-chagas-disease-meets-controversy/

Ligos sukėlėjus perneša kraujasiurbės triatominės blakės. Blakės maitinasi gyvūnų ir žmogaus krauju, todėl jos gyvena netoli žmonių būstų ar gyvūnų olų. Dažniausiai jos sukandžioja atviras kūno vietas (veidą, rankas, kojas). 

Chagas liga gali turėti ūmią ir lėtinę stadijas. Abi šios stadijos gali būti be simptomų arba kelti grėsmę gyvybei. Įkandimo vietoje vystosi nedidelis uždegimas. Ūmi ligos stadija prasideda karščiavimu, galvos skausmu, periferinių limfmazgių padidėjimu, raumenų skausmais, sumažėjusiu apetitu, atsiranda viduriavimas, pykinimas, silpnumas, pasunkėja kvėpavimas, ant pilvo ir krūtinės gali išryškėti raudonos dėmės. Gali atsirasti odos bėrimai (Čagos), išliekantys kelis mėnesius. Apie 50% visų ligonių vystosi Romano simptomas (pabrinkimas viršutinio ir apatinio vienos akies vokų, kartu su akies uždegimu (konjunktyvitu)). Ūmi ligos stadija yra labai pavojinga, dėl galimų mirties atvejų ar sunkios ligos vystymosi, ypač mažiems vaikams.

Read More

Metabolizmas. Katabolizmas ir anabolizmas

http://blog.medillsb.com/cell-metabolism-by-icom-creative/

Pradedame naują skyrių apie ląstelėje vykstančias chemines reakcijas – jos metabolizmą.

Metabolizmas – visų gyvame organizme vykstančių cheminių reakcijų visuma. Kadangi cheminės reakcijos arba atpalaiduoja energiją, arba joms energijos reikia, į metabolizmą galime žiūrėti kaip į energiją balansuojantį veiksmą. Atitinkamai metabolizmas gali būti suskirstytas į dvi cheminių reakcijų klases: tos, kurios energiją atpalaiduoja, ir tos, kurioms vykti reikia energijos.

https://quizlet.com/141505321/chapter-8-microbial-metabolism-flash-cards/

Fermentų reguliuojamos reakcijos, kurių metu energija atpalaiduojama, priskiriamos katabolizmui – kompleksinių organinių molekulių skaidymas į paprastesnes. Šios reakcijos vadinamos katabolinėmis arba degradacijos reakcijomis. Dauguma katabolinių reakcijų yra hidrolizės reakcijos (reakcijos, kuriose naudojamas vanduo ir nutraukiami cheminiai ryšiai) ir jos yra egzoergoninės (pagamina daugiau energijos, nei sunaudoja). Katabolizmo pavyzdys – cukraus suskaidymas ląstelėje į anglies dioksidą ir vandenį.

Read More

Mokslo naujienos: su kūno riebalais siejamos žarnyno bakterijos

https://www.yahoo.com/news/the-link-between-gut-bacteria-and-your-kids-122912819857.html

King koledžo Londone mokslininkai atrado ryšį tarp žmogaus išmatose esančių bakterijų įvairovės (žmogaus išmatų mikrobiomo) ir pilvo riebalų.

Tyrimas taip pat pateikia įrodymų dėl galimo genetinio polinkio nutukimui. Pasak jų, tai galėtų lemti paveldimos bakterijos išmatų mikrobiomoje. 

Mokslininkai parodė, kad tiriamieji, turintys didesnę bakterijų įvairovę išmatose, turi mažiau visceralinių riebalų. Visceraliniai riebalai yra kūno riebalai, kaupiami pilvo srityje šalia kai kurių svarbių vidaus organų. Dideli kiekiai šių riebalų siejami su didesne rizika sirgti širdies bei kraujagyslių ligomis bei diabetu. Šis riebalų tipas anksčiau nebuvo siejamas su žmogaus mikrobioma.

http://maistassportui.lt/straipsniai/ivairus/zalingi-iprociai-ir-cukrinis-diabetas/

Read More

Adenozintrifosfatas

https://igpictureeducation.com/atp-synthase-images

Adenozintrifosfatas (ATP) yra pagrindinė energijos molekulė ląstelėse ir yra nepakeičiama ląstelės gyvenime. Ji kaupia cheminę energiją, kuri atpalaiduojama tam tikrų cheminių reakcijų metu. Tai suteikia energijos ląstelėje vykstančioms reakcijoms.

ATP sudaro adenozinas, kurio sudėtyje yra adeninas ir ribozė, ir 3 fosfato grupės. Kitais žodžiais tariant, tai yra adenino nukleotidas (dar vadinamas adenozinmonofosfatu, AMP) su papildomomis 2 fosfato grupėmis.

https://meteormemory.wordpress.com/2015/12/16/production-and-use-of-atp/

ATP vadinama didžiaenerge molekule, nes ji atpalaiduoja didelį energijos kiekį, kai trečioji fosfato grupė hidrolizuojama. Tada ATP tampa adenozindifosfatu (ADP).

Read More

Ribonukleorūgštis

http://www.umichrna.org/

Ribonukleorūgštis (RNR), kaip ir DNR, priklauso nukleorūgštims. RNR nuo DNR skiriasi keliais aspektais:

• RNR yra viengrandė molekulė (DNR – dviguba spiralė).

• Deoksiribozę RNR molekulėje keičia ribozė, kuri turi vienu deguonies atomu daugiau, nei deoksiribozė.

https://www.mun.ca/biology/scarr/iGen3_02-07.html

• Skiriasi ir viena bazė. RNR molekulėje nesurasime timino. Vietoje jo yra uracilas. Kitos trys bazės (A, C, G) yra tos pačios.

http://evolution.about.com/od/Genetics/a/Dna-Vs-Rna.htm

Read More

Deoksiribonukleorūgštis (DNR)

https://www.youtube.com/watch?v=uXdzuz5Q-hs

Jei dar neskaitėte įžanginio įrašo apie nukleorūgštis, tai siūlyčiau pasiskaityti, kadangi ten išaiškintos sąvokos šiame įraše iš naujo paaiškintos nebus :)

Pagal Watson ir Crick sukurtą modelį, deoksiribonukleorūgšties (DNR) molekulė sudaryta iš dviejų ilgų grandinių, kurios susivyniojusios taip, kad sudaro dvigubą spiralę. Dviguboji spiralė atrodo kaip persisukusios kopėčios, o kiekviena grandinė sudaryta iš daugybės nukleotidų.

http://dataphys.org/list/watson-and-cricks-3d-model-of-dna/

Kiekviena DNR spiralės grandinė turi „stuburą“, kurį sudaro besikaitaliojančios deoksiribozės cukrūs ir fosfatinės grupės – vieno nukleotido deoksiribozė yra prisijungusi prie kito nukleotido fosfatinės grupės. Azotą turinčios bazės konstruoja kopėčių skersinius. Privalu žinoti, kad purinas A (adeninas) visada poruojasi su pirimidinu T (timinas), o purinas G (guaninas) su pirimidinu C (citozinu) (Čargafo taisyklė). Bazės kartu palaikomos vandeniliniais ryšiais – A su T sudaro 2 jungtis, C su G – 3. DNR neturi nukleotido uracilo (U).

Read More

Mokslo naujienos: Kinija sprendžia antimikrobinio atsparumo problemą

http://www.sciencemag.org/news/2016/08/china-tackles-antimicrobial-resistance

Taip jau išėjo, kad „Mokslo naujienose“ tęsim antibakterinę temą. Šį kartą apie kinus, pagaliau susirūpinusius antimikrobiniu atsparumu.

Kinija, didžiausia pasaulyje žmonių ir gyvūnų antibiotikų vartotoja, įsipareigoja pagerinti ir atrasti naujų antimikrobinių medžiagų bei suvaldyti jų perdėtą vartojimą, dėl globalinio antimikrobinio atsparumo.

Jų tikslas iki 2020 metų sukurti naujų antimikrobinių preparatų, parduoti vaistus tik su receptais, sekti jų vartojimą ir šviesti tiek medicinos atstovus, tiek vartotojus, apie tinkamą vaistų vartojimą.

http://www.bbc.com/news/health-34857015

Antimikrobinis atsparumas gali kasmet sukelti 1 milijoną mirčių Kinijoje ir tai šaliai kainuotų 20 trilijonų dolerių. Šiuo metu antibiotikai Kinijoje yra laisvai prieinami ir parduodami be receptų. Šalies suvartojamų antimikrobinių preparatų sudaro net pusę visame pasaulyje suvartojamų preparatų.

Read More

Nukleorūgštys

http://education.seattlepi.com/chemistry-involved-nucleic-acid-polymer-sequencing-6707.html

1944 metais Amerikos mikrobiologai Oswald Avery, Colin MacLeod ir Maclyn McCarty atrado, kad genai yra sudaryti iš medžiagos, pavadintos deoksiribonukleorūgštimi (DNR). Po 9-erių metų, James Watson ir Francis Crick, dirbdami su molekuliniais modeliais ir Rentgenu gauta informacija, kurią pateikė Maurice Wilinks ir Rosalind Franklin, identifikavo DNR molekulės struktūrą (už tai Wilkins, Watson ir Crick tapo Nobelio premijos laureatais). Crick taip pat pasiūlė DNR replikacijos mechanizmą ir kaip ši molekulė dalyvauja genetinės informacijos paveldėjime.

http://www.scienceok.com/human-body/nucleic-acids-DNA-and-RNA-structure/

Read More

Baltymų organizacijos lygmenys

http://www.turbosquid.com/3d-models/3d-model-protein-molecule/602709

Struktūriškai baltymai yra labai skirtingi. Skirtingi baltymai turi skirtingas architektūras ir 3D formas. Ši struktūrų įvairovė susijusi su tuo, kad baltymų funkcijos yra labai įvairios.

Kai ląstelė sintetina baltymą, polipeptidinė grandinė spontaniškai susilanksto į tam tikrą formą. Viena iš šio lankstymosi priežasčių – tam tikros baltymo dalys vandenį traukia, o kitos vandenį atstumia.

Beveik visais atvejais, baltymo funkcija priklauso nuo jo gebėjimo atpažinti ir prisijungti tam tikrą kitą molekulę. Unikali baltymo forma įgalina jį sąveikauti tik su kitomis specifinėmis molekulėmis, kad baltymas atliktų specifinę funkciją. Pavyzdžiui, fermentas prisijungia jo substratą (molekulę ar molekules, kurias jis skaido arba sujungia). Baltyminiai hormonai jungiasi prie ląstelės, kurios funkcijas jis paveikia, receptorių. Antikūnas jungiasi su antigenu, kuris įsiveržė į organizmą.

Baltymai yra apibūdinami keturiais organizacijos lygmenimis – pirminė, antrinė, tretinė ir ketvirtinė struktūros.

Read More

Įdomioji biologija: antibakterinis muilas

http://www.coxfamilypractice.com/wash-way-less-colds-flu/

Viename iš „Įdomiosios biologijos“ įrašų rašiau kaip veikia antibakterinės dangos, o šį kartą aptarsime kaip veikia antibakterinis muilas.

Kodėl mums apskritai reikalingas muilas? Jo mums reikia, nes molekulės yra arba hidrofilinės (vandenį mylinčios), arba hidrofobinės (vandens bijančios), o dauguma purvo ir mikrobų ląstelių yra hidrofobinės, tad jų vien tik vandeniu nenuplausime. Kai per hidrofobines molekules bėga vanduo, jis jų nesurenka, jos tiesiog vandenyje netirpsta (puikus hidrofobinės medžiagos pavyzdys – aliejus: jei į vandenį įpiltumėte šiek tiek aliejaus – jis plūduriuos kaip atskiri burbuliukai, bet kartu su vandeniu nesusimaišys).

http://www.planet-science.com/categories/under-11s/chemistry-chaos/2011/06/soap---how-does-it-get-things-clean.aspx

Muilas yra gaminamas iš riebiųjų rūgščių, išskirtų iš aliejų ar riebalų, bei bazių, tokių kaip natrio hidroksido druska (NaOH). Muile esančios molekulės turi tiek hidrofobinius (riebiųjų rūgščių grandinės), tiek hidrofilinius (druskos) galus. Tai leidžia muilo molekulėms suspenduoti (kietosios medžiagos paskirstymas mažomis dalelėmis skystyje) aliejus, purvą ir mikrobus, kurie yra nuplaunami. Muilo molekulės tampa tiltu tarp hidrofobinių dalelių ir hidrofilinio vandens.

Muilas gan gerai nuplauna visus nešvarumus ir mikrobus, tačiau jis nenužudo ant odos esančių bakterijų. Antibakteriniai muilai yra gan populiarūs, nes yra puikiai išreklamuoti kaip bakterijų žudikai. Antibakterinių muilų tikslas stabdyti bakterijų reprodukciją taip sumažinant jų kiekį, esantį ant odos. Teoriškai, mažesnis bakterijų skaičius reiškia mažesnę infekcijos ar ligos riziką. Tačiau reikia nepamiršti, kad ant mūsų odos gyvena mikroorganizmai, būtini mūsų išgyvenimui (mikroflora). Šios gerosios bakterijos taip pat paveikiamos antibakterinių medžiagų.

Read More

Baltymai. Aminorūgštys

https://www.computecanada.ca/research/protein-sleuth/

Baltymai yra organinės molekulės, kurias sudaro anglies, vandenilio, deguonies ir azoto atomai. Kai kurių sudėtyje taip pat yra sieros atomų. Kiekvienoje gyvojoje ląstelėje galima rasti šimtus skirtingų baltymų molekulių. Baltymai sudaro daugiau nei 50% sausojo ląstelės svorio.

Baltymai yra būtini ląstelės struktūrai ir funkcijoms palaikyti. Baltymai fermentai pagreitina ląstelių biocheminius procesus. Transportiniai baltymai, esantys ląstelių membranose, perneša tam tikras medžiagas į ir iš ląstelių.

https://simple.wikipedia.org/wiki/Enzyme

Fermentų veikimo schema

Baltymai bakteriocinai, kuriuos gamina dauguma bakterijų, pražudo kitas bakterijas, taip padėdami joms konkuruoti tarpusavyje. Tam tikri toksinai (nuodingos medžiagos), vadinami egzotoksinais (išskiriami už ląstelės ribų), taip pat yra baltymai, kuriuos gamina kai kurios ligas sukeliančios bakterijos.

Read More

Mokslo naujienos: iš kupranugarių kilęs peršalimo virusas

https://en.wikipedia.org/wiki/Coronavirus

Po kiek ilgesnės, nei įprasta, pertraukos „Mokslo naujienos“ grįžta su mano blog‘e kol kas retai minima tema – virusais.

Yra 4 visame pasaulyje paplitę ir žmones užkrečiantys koronavirusai, kurie kaip ir geriau žinomi rinovirusai, sukelia įvairius peršalimus. Įprastai šios infekcijos žmonėms nėra pavojingos. Bonos universiteto, Virusologijos instituto profesorius Christian Drosten su komanda rado vieno iš peršalimą sukeliančio koronaviruso „HCoV-229E“ šaltinį. Jis, kaip ir baisusis MERS virusas, taip pat kilęs iš kupranugarių.

http://kingofwallpapers.com/camel.html

Vidurio Rytų kvėpavimo sistemos koronavirusas MERS žmoguje pirmą kartą rastas 2012 metais. Jis sukelia sunkias kvėpavimo sistemos infekcijas, kurios dažnai būna mirtinos. Kiek anksčiau kupranugariai buvo patvirtinti kaip šio viruso šaltinis.

Pasak prof. Drosten, MERS tyrimų metu ieškant koronavirusų buvo ištirta 1000 kupranugarių ir juos nustebino, kad kartu buvo rasta ir „HCoV-229E“, kuris žmonėms sukelia peršalimą. Atliekant lyginamuosius tyrimus nustatyta, kad išties šį virusą kupranugariai perduoda žmonėms.

Read More

Kompleksiniai lipidai. Steroidai

http://www.fonterra.com/au/en/Nutrition+Centre/Articles/The+need+for+dairy+complex+lipids+in+infant+formula

Praeitą kartą aptarėme paprastuosius lipidus. Šiame bus aptariami kompleksiniai lipidai bei steroidai.

Kompleksiniuose lipiduose be anglies, vandenilio ir deguonies atomų rasime fosforo, azoto bei sieros atomų.

http://archive.cnx.org/contents/9ca160b0-104f-4748-8aac-7bb685edfb0d@1/ou-human-physiology-structure-and-composition-of-the-cell-membrane

Kompleksinis lipidas fosfolipidas sudarytas iš glicerolio, dviejų riebiųjų rūgščių, o vietoje trečiosios riebiosios rūgšties, kuri būtų riebaluose, rasime fosfato grupę, prie kurios bus prisijungusi viena iš organinių grupių. Fosfolipidai yra tie lipidai, iš kurių sudarytas ląstelės membranos pagrindas – jie yra būtini ląstelės išgyvenimui. Fosfolipidai turi polinę ir nepolinę sritis. Kai fosfolipidai patenka į vandenį, jie polinę (hidrofilinę – vandenį mylinčią) dalį nukreipia link vandens molekulių, kurios taip pat yra polinės. Tada tarp jų susidaro vandenilinės jungtys. Polinės dalys sudarytos iš fosfatinės grupės ir glicerolio. Nepolinės (hidrofobinės – vandens bijančios) sritys kontaktuoja tik su kaimyninių fosfolipidinių ląstelių nepolinėmis sritimis. Taip jos pasislepia nuo vandens ir taip susidaro plazminės membranos dvisluoksnis – vienos molekulės hidrofilinė dalis atsukta į ląstelės vidų, kitos į išorę, o jų uodegėlės paslėptos viduje. Nepolinės sritys – riebiųjų rūgščių uodegėlės. Fosfolipidai membranoms suteikia savybę būti barjeru tarp ląstelės ir išorės, kurioje jos gyvena.

Read More

Lipidai: riebalai

http://biology.about.com/od/molecularbiology/ss/lipids.htm

Tęsiame pažintį su organinėmis ląstelių medžiagomis ir šį kartą apie lipidus.

Jeigu dabar imtų ir išnyktų visi Žemėje esantys lipidai, tai kartu ir išnyktų gyvieji organizmai – lipidai yra pagrindiniai ląstelių membranų komponentai, tad išnykus jiems, nebūtų ir ląstelių, o liktų tik ląstelių vidurių telkinys.

Kaip ir angliavandenių, lipidų molekules sudaro anglies, vandenilio ir deguonies atomai, tačiau lipidams nebūdingas 2:1 tarp vandenilio ir anglies atomų skaičiaus santykis. Lipidai yra labai įvairi organinių molekulių klasė, tačiau juos visus sieja viena savybė – visi lipidai yra nepoliarinės molekulės, tai yra, lipidai neturi teigiamai ir neigiamai įkrautų polių (galų), priešingai nei vandens molekulės. Todėl dauguma lipidų netirpsta vandenyje, tačiau gerai tirpsta nepoliariniuose tirpikliuose, tokiuose kaip eteriai ir chloroformas. Lipidai įeina į visų ląstelės membranų sudėtį, kai kurių ląstelių sienelių sudėtį ir tarnauja ląstelei kaip energijos šaltinis.

https://scienceandfooducla.wordpress.com/2015/03/10/vinaigrette/

Read More

Plague Inc

Aš niekada nebuvau ir greičiausiai netapsiu gamer‘e – dauguma žaidimų man gan greit atsibosta ir neužsikabinu jų žaisti. Bet žinot, priešingybės traukia, ir susiėjau su vaikinu, sergančiu lengva gaminim‘o forma. Ir tada sužinojau apie Plague Inc – jo manymo žaidimu, kurį kaip mikrobiologė tikrai turėčiau žaisti :D

Plague Inc – strateginis žaidimas, kurio tikslas užkrėsti ir nužudyti visus pasaulio gyventojus. Tampi juoduoju mikrobiologu :D Pradėjau žaisti ir visai patiko: žaidimo strategiją reikia kurti pasitelkiant tam tikras biologines žinias, kurios padėtų tavo patogenui (užkratui) plisti ir likti nepastebėtam kaip įmanoma ilgesnį laiką. Gilios biologinės žinios nėra būtinos, užtenka logiškai pamąstyti, kokios savybės padėtų mažajam patogenui užkariauti pasaulį.

Read More

Angliavandeniai

http://healthyceleb.com/carbohydrates-addicts-diet-acquire-good-health/14748

Angliavandeniai yra didelė ir plati organinių medžiagų grupė, kuriai priklauso cukrūs ir krakmolas. Gyvosiose sistemose angliavandeniai atlieka daugybę svarbių funkcijų. Pavyzdžiui, cukrus deoksiribozė yra deksiribonukleorūgšties (DNR) statybinis blokas. Iš kitų cukrų (pvz.: celiuliozės) yra sudarytos ląstelių sienelės. Paprastieji angliavandeniai (pvz.: gliukozė) yra panaudojami kitų medžiagų (aminorūgščių, riebalų) sintezei, kurios yra panaudojamos ląstelių membranų ir kitų ląstelės dalių palaikymui. Kompleksiniai angliavandeniai (pvz.: krakmolas) tarnauja ląstelėms kaip maisto saugyklos. Tačiau pagrindinė angliavandenių funkcija - greitas ir lengvai pasisavinamas energijos šaltinis.

Angliavandeniai yra sudaryti iš anglies, vandenilio ir deguonies atomų. Anglies ir vandenilio atomų santykis paprastuose angliavandeniuose yra 2:1 – ribozė (C₅H₁₀O₅), gliukozė (C₆H₁₂O₆). Nors ir yra keletas išimčių, tačiau bendroji angliavandenių formulė yra (CH₂O)_n, kur n parodo, iš kelių CH₂O vienetų molekulė yra sudaryta. Angliavandeniai pagal dydį skirstomi į 3 grupes: monosacharidai, disacharidai ir polisacharidai.

http://2012books.lardbucket.org/books/an-introduction-to-nutrition/s08-01-a-closer-look-at-carbohydrates.html

Read More

Truputis iš Lietuvos: listeriozė

http://www.webmd.com/food-recipes/food-poisoning/rm-quiz-food-bacteria-listeria

Šį kartą vietoj „Mokslo naujienų“ su tam tikromis naujienomis susijęs įrašas. Pasinaudosiu proga ir aprašysiu apie pirmąją ligą ir jos sukėlėją.

Greičiausiai jau visi girdėjome apie nuslėptą baisūną šaldytuose maisto produktuose. Straipsnių prirašyta begalės, vyksta ikiteisminiai tyrimai, kratos, atsisakymai komentuoti situaciją... Tačiau ko pasigedau beskaitydama šiuos straipsnius – normalaus paaiškinimo, kas tai per bakterija ir kas tai per liga.

Jei dar nesupratote apie ką aš – tai apie „Judex“ gaminiuose nuslėptą bet vis tiek rastą listerijos (Listeria monocytogenes) bakteriją.

http://abcnews.go.com/Health/dead-blue-bell-listeria-outbreak-sabra-recalls-hummus/story?id=30176592

Read More

Organinės molekulės

http://www.buzzle.com/articles/organic-compounds-examples.html

Šį kartą gal kiek daugiau chemijos, nei biologijos, bet be šios informacijos būtų gan sunku suprasti, iš ko organinės molekulės yra sudarytos.

Neorganinės molekulės (neskaitant vandens) sudaro vos 1-1,5% gyvųjų ląstelių. Šios paprastos, dažniausiai iš vos kelių atomų sudarytos molekulės, nėra pajėgios užtikrinti sudėtingų ląstelės biologinių funkcijų (pvz.: energijos aprūpinimo). Tuo tarpu organinės molekulės, sudarytos iš įvairiais būdais sujungtų anglies ir kitų atomų, yra pakankamai didelės, kad galėtų įvykdyti šias funkcijas.

Anglies atomas turi 4 laisvus elektronus, vadinasi gali sudaryti 4 kovalentinius ryšius (cheminis ryšys, atsirandantis susidarant bendroms elektronų poroms) su kitais atomais. Anglies atomai gali jungtis į tiesias ar šakotas grandines, ar netgi žiedus.

https://en.wikipedia.org/wiki/Valence_electron

Read More

Rūgštys, bazės, druskos. pH rodiklis

http://www.seasaltsuperstore.com/

Pažintį su molekulėmis tęsiame kitomis neorganinėmis molekulėmis. 

Rūgštys vandenyje disocijuoja (suskyla) į bent vieną vandenilio joną (H⁺) ir vieną (ar daugiau) neigiamą joną. Rūgštys gali būti apibūdinamos kaip protono (teigiamos atomo dalelės) (H⁺) donoras.

HCl_(H2O) → H⁺ + Cl^-

Bazė vandenyje disocijuoja į bent vieną hidroksido (OH^-) joną ir vieną (ar daugiau) teigiamą joną. Hidroksido jonai gali priimti (susijungti) protoną, taip sudarydami vandens molekulę.

NaOH_(H2O) → Na⁺ + OH^-

Druska yra medžiaga, kuri vandenyje disocijuoja į katijonus (teigiami jonai) ir anijonus (neigiami jonai), o ne į H⁺ ar OH^-.

NaCl_(H2O) → Na⁺ + Cl^-

^{http://www.toolboxpro.org/classrooms/template.cfm?ID=1730&P=113502}

Read More

Įdomioji biologija. PGR

http://www.chemagen.com/pcr-products.html

„Įdomioji biologija“ vėl keliasi į mano laboratoriją ir šį kartą papasakosiu apie PGR. Šios reakcijos modifikacijų yra daug, priklausomai nuo to, ką norima dauginti ir ką norima daryti su produktu toliau, tad čia bus aprašyti tik tie principai, kurie galiojai didžiajai daliai atliekamų PGR. Įspėju iš anksto, tekstas laukia ilgokas :D

Norint nustatyti genų sekas, klonuoti žinomus genus, įvertinti genų raišką, reikia padauginti (amplifikuoti) nukleorūgštis (DNR ir RNR). Dažniau atliekama DNR amplifikacija, nes jos dauginimo metodai yra geriau išvystyti ir pati DNR yra chemiškai stabilesnė, nei RNR. Jei reikia atlikti RNR amplifikaciją, pirma padaroma DNR kopija ir tada ji yra amplifikuojama.

https://www.youtube.com/watch?v=uXdzuz5Q-hs

Amplifikacija gali būti atliekama:

• in situ - nukleorūgštys yra pagausinamos negyvose atitinkamai paruoštose ląstelėse arba audiniuose, tam tikroje ląstelės ar chromosomos vietoje.
• in vivo - DNR fragmentas perkeliamas į ląstelę. Kai ląstelės dauginasi, vykstant replikacijai, padauginama ir DNR.
• in vitro naudojami replikacijoje dalyvaujantys fermentai – DNR polimerazės, kurios sintetina DNR kopijas.

Amplifikacija in vitro yra patogiausia ir greičiausia. Yra sukurta daug skirtingų amplifikacijos in vitro metodų. Vieniems metodams reikalingas ciklinis temperatūros kaitaliojimas, kiti atliekami esant pastoviai temperatūrai. Pats efektyviausias ir dažniausiai naudojamas yra polimerazės grandininė reakcija (PGR). Šio metodo pagalba iš 1 DNR kopijos galima gauti iki 10¹² DNR kopijų. Už PGR išradimą, 1993 metais Kary B. Mullis buvo apdovanotas Nobelio premija.

Read More